Nach der Grundschulausbildung kam Marko Vatovec zum Chorsingen. Sein Studium an der Pädagogischen Hochschule von Ljubljana setzte er an der Universität und dann an der Musikhochschule Ljubljana fort.

Für sein Diplom Konzert bekam der den Prešeren-Preis der Hochschule. Er setzte seine Studien fort in der Klavve von Anton Nanut und assistierte bei vielen internationalen Meisterklassen mit Eric Ericson, Frieder Bernius, Julius Kalmar und vielen anderen. Seine professionale Dirigierkarriere startete er beim Slowenischen Kammerchor, erst als Assistent später als Gastdirigent. Wenig später begann er seine pädagogische Laufbahn an der Musikakademie in Ljubljana, wo er nach wie vor als ordentlicher Professor für Chorleitung und Chorsingen tätig ist. Viele seiner jungen slowenischen Chorleiter arbeiten international und erzielen internationale Preise.

Vatovec dirigiert den gemischten Jugendchor der Gymnasiums seiner Heimatstadt Koper, wurde einer der Gründer des Chores Veter bei der Jeunnesse Musical in Ljubljana. Er dirigierte ebenfalls den Slovenian Philharmonic Choir, den Chor Vox Europae, Mimas, den Kosovo Philharmonic Choir, das Orchester Slowenischer Solisten, das RTV Symphonieorchester von Slowenien und andere.

Marko Vatovec ist regelmäßig Jurymitglied nationaler und internationaler Chorwettbewerbe und Kursleiter bei nationalen und internationalen Meisterklassen und Symposiums. Sein In Repertoire schließt viele Uraufführungen verschiedener A-cappella und Vokal- und instrumental Werke Slowenischer Komponisten ein.