Nachdem er in seiner Kindheit bereits in Chören gesungen hat, studierte Yves Weeger Chorleitung bei Roger Thirot, dem Dirigenten von „Les  Petits Chanteurs de Chaillot“ (Paris) und bei Jean-Paul Kreder, Dirigent des Radio-France-Chores und Professor am Conservatoire de Tours. Gesang studierte er bei Colette Wyss und Camille Maurane.

Von 1978 bis 1998 unterrichtete Yves Weeger Chorleitung an den Conservatoires von Versailles, Poitiers und Tours, wo er den Knabenchor „Maîtrise du Conservatoire“ und den Mädchenchor „Les Petites Voix“ gründete. Er dirigierte den Chor der „Faculty of Musicology“ in Tours und „Les Petits Chanteurs de Nantes“.

Von 1998 bis 2000 leitete er den „Maîtrise de la Cathédrale“ in Reims, den „Choeur du Grand-Sablon“ in Metz und übernahm die Chorarbeit am Conservatoire de Reims, wo er im Jahr 2000 das „Ensemble Vocal d’Enfants“ gründete.

Einer seiner pädagogischen Schlüssel ist, die Sänger, so lange sie jung sind, mit einer möglichst grossen Bandbreite des Repertoires vertraut zu machen, von Renaissance-Madrigalen bis hin zu zeitgenössischer Musik. Yves Weeger ist zudem stellvertretender Direktor des Conservatoire de Reims.